Mis à jour : 01/08/2019

GeoNat'îdF offre aux utilisateurs la possibilité de saisir leurs données, mais également d’importer de grands jeux de données. Cela peut être particulièrement utile pour les jeux de données anciens ou ceux provenant d’autres bases de données. Importer des jeux de données dans GeoNat'îdF permet de s’assurer que les observations que vous ou votre structure avez produites seront bien intégrées aux différents programmes et études, du niveau local à l’échelle internationale. En ce qui concerne les données réglementaires postérieures au 1er juillet 2018, celles-ci doivent désormais être importées sur le site national de téléversement (*). 

Transmettez-nous vos fichiers d'import (ou vos questions) à l'adresse : sinp@institutparisregion.fr.

Comment préparer son fichier d'import ?

Les informations obligatoires pour importer un jeu de données sont : l’espèce, la date, l’observateur et le lieu. Ces 4 informations doivent être renseignées correctement de manière à pouvoir être exploitées :

  • Le code valide du taxon issu du référentiel taxonomique TaxRef (cdnom) doit être obligatoirement indiqué. Pour les rares exceptions où cela ne serait pas possible, le nom scientifique valide de l’espèce (avec ou sans auteur) doit être correctement orthographié et correspondre aux référentiels taxonomiques en vigueur (Taxref).
  • La date de l'observation doit idéalement être précise. Renseigner une donnée au mois ou à l’année est possible, mais est moins précise et donc potentiellement moins utile pour l'exploitation de la donnée.
  • Le nom de ou des observateurs (possible d'intégrer des co-observateurs) doivent être renseignés sans faute d'orthographe.
  • Le lieu doit être fourni sous forme de coordonnées XY, en précisant le référentiel géographique utilisé. Un champ associé doit également indiquer la précision de la donnée et un autre le code INSEE de la commune (cela permet de vérifier d’éventuelles erreurs de projection). Les données non précises (échelle communale, échelle d’un massif forestier) ne sont généralement pas importées, sauf si elles présentent un intérêt particulier.

En parallèle de ces informations obligatoires, d’autres informations permettent de caractériser et qualifier la donnée et de lui donner un intérêt plus important lors de son exploitation :

  • le dénombrement, qui doit notamment comprendre le nombre d'individus, leur stade de vie (adultes, juvéniles, larves, pontes) et le sexe des individus (mâle, femelle). Cela contribue notamment aux indices de reproduction et d'autochtonie prouvant l'utilisation d'un site donnée pour la reproduction de l'espèce ciblée.
  • le statut biologique, mentionnant notamment les codes atlas ou le statut reproducteur d'une espèce.
  • le comportement, qui intègre également des informations comportementales, notamment concernant la reproduction ou l'utilisation du site ou d'un habitat.
  • l'état biologique, qui permet d'indiquer la potentielle mortalité et sa cause.
  • la technique d'observation, la méthode de détermination et le déterminateur : ils permettent notamment de faciliter le processus de validation scientifique de la donnée.
  • l’étude : si les données ont été produites dans le cadre d’une étude, merci d'intégrer une colonne renseignant le nom de l'étude(s) / du jeu(x) de données auquel rattacher les données et de compléter et nous renvoyer le 4e onglet du tableau suivant pour que nous puissions créer le(s) Cadre(s) d'acquisition et le(s) jeu(x) de données souhaités. Cela permet notamment de conserver l'ensemble des métadonnées liées à une étude (dont jeu d'acteurs) lors de la circulation des données.
  • les remarques : tout ce qui n’entre pas dans un champ existant peut être renseigné sous le format de remarque. Attention, il est important de faire figurer toutes informations concernant les dénombrements (effectifs, stade de vie, sexe) dans des colonnes dédiées / caractérisées et non dans la colonne remarque, sinon ces informations pourraient ne pas être codifiées correctement dans la base.

Impératifs à respecter

Attention ! Afin de faciliter le travail d'import et que celui-ci soit le plus fidèle possible à votre fichier, merci de  :

  • vérifier que vos identifiants d'origine sont bien uniques (un identifiant d'origine pour une donnée) : en cas de doublonnage, nous ne pourronspas les importer,
  • bien respecter le format des identifiants uniques SINP (uuid - ex : 42c9cd00-1666-11ee-be56-0242ac120002), dans l'alternative où vous nous en fournissez (non obligatoire)
  • compléter systématiquement les champs obligatoires,
  • compléter si possible les champs utiles, permettant de mieux caractériser votre donnée,
  • bien coder les informations de dénombrements (effectifs, stade de vie, sexe) dans des colonnes séparées (et non dans la colonne remarque !),
  • si possible, coder également les informations type technique d’observation, technique de détermination, etc, dans des colonnes dédiées (et non dans la colonne remarque)

>> Afin que vos fichiers soient les plus conformes possibles et qu'ils puissent être importés de la manière la plus propre possible, veuillez télécharger le tableau du format d'import des données dans GeoNat'îdF. Il comprend notamment : 

  • 1er onglet : un tableau vierge à compléter au bon format d'import
  • 2e onglet : des explications concernant le format d'import dans GeoNat'îdF avec des exemples de données respectant le bon format
  • 3e onglet : la liste des champs et des valeurs de champs présents au sein de GeoNat'îdF pour chaque groupe taxonomique
  • 4e onglet : des explications pour la création des études
  • 5e onglet : un tableau vierge à compléter pour la création des études
     

Quelles données ont déjà été importées ?

Les données importées représentent près de la moitié de l’ensemble des données contenues dans GeoNat'îdF. Ainsi, une grande partie de la base de données de l’Opie figure désormais dans GeoNat'îdF ainsi que toutes les données régionales qui figuraient dans la base de la Société Herpétologique de France (SHF) et la plupart de celles de la Société Nationale de Protection de la Nature (SNPN). Certaines associations locales ont entamé le travail de mise en forme et d’import de leurs anciennes données : c’est par exemple le cas de l’ANVL et de NaturEssonne. L’ensemble des données historiques du PNR de la Haute Vallée de Chevreuse est intégré, ainsi que celles d’un certain nombre de réserves (RNN Bassée, RNR du bassin de la Bièvre, RNR du Grand-Voyeux, RNR du site géologique de Limay).

En ce qui concerne les collectivités, un gros travail d’import de l’ensemble de la base de données de la Ville de Paris et du Département des Hauts-de-Seine ont eu lieu. Ceux de la Seine-et-Marne et de la Seine-Saint-Denis ont été partiellement réalisés et doivent être achevés en 2019. Toutes les données détenues par l’Agence des Espaces Verts ont également intégrées. 

Certaines données issues de programme de recherche ont été importées, notamment celles de Vigie-Chiro et du Spipoll

En échange des données mises à disposition des Bureaux d’études à leur demande, ceux-là intègrent de plus en plus régulièrement les données qu’ils effectuent – cependant désormais celles-ci devront être importées depuis le site national de téléversement dédié

Enfin, les observateurs, individuellement, peuvent faire parvenir leurs données brutes mises en forme s’ils souhaitent les voir intégrer GeoNat'îdF, même lorsqu’elles figurent déjà dans d’autres bases de données ne collaborant pas encore. Il est également possible d’importer des données provenant de CardObs, les comptes des utilisateurs permettant des exports plus complets que ceux de l’INPN. 
 

Process de validation des données

Comme lorsqu’une donnée est saisie, une donnée importée est susceptible d’occasionner un questionnement par n’importe lequel des utilisateurs de la base : mention auparavant inconnue d’une espèce très rare, date inhabituelle, effectif très élevé, etc.

Attention le process présenté doit être mis à jour suite à notre migration de Cettia îdF vers GeoNat'îdF.

 

Process de validation des données dans Cettia


Rechercher des données importées

Dans l’explorateur de données de GeoNat'îdF, à savoir le module Synthèse, il n'est pour le moment pas possible de filtrer les données selon leur module de provenance (à savoir le module Imports pour les données importées). Cette possibilité sera ajoutée prochainement et sera accessible via les filtres avancés, tout en bas des filtres du module.

 

Transmettez-nous vos fichiers d'import (ou vos questions) à l'adresse : sinp@institutparisregion.fr.

 

(*) conformément à l'article L411-1 A du Code de l'environnement les données brutes de biodiversité «acquises à l'occasion des études d'évaluation préalable ou de suivi des impacts réalisées dans le cadre de l'élaboration des plans, schémas, programmes et autres documents de planification mentionnés à l'article L.122-4 et des projets d'aménagement soumis à l'approbation de l'autorité administrative» doivent quant à elles être reversées sur la plateforme nationale de Dépôt Légal de Biodiversité.